Selaras dengan kemajuan ilmu pengetahuan dan teknologi serta tuntutan pembangunan yangsemakin mendesak menghadapi era globalisasi, pembangunan sumber daya manusia (SDM) di lingkungan Yayasan al-Miftah Panyepen Pamekasan perlu ditingkatkan dan dikembangkansecara berkelanjutan. Untuk memenuhi kebutuhan tersebut pendirian lembaga pendidikantinggi merupakan suatu alternatif. Berdasarkan hasil studi kelayakan yang dilakukan olehdewan ahli Yayasan al-Miftah dan beberapa masukan serta saran dari orang tua / wali danalumni Pondok Pesantren Miftahul Ulum dalam pertemuannya pada tanggal 10 Maret 1994diputuskan untuk mendirikan Perguruan Tinggi di lingkungan Yayasan al-Miftah PanyepenPamekasan. Berdasarkan Surat Keputusan Ketua Yayasan al-Miftah Panyepen Pamekasan, Nomor 25//SK Yalmi/03/VII/1994 tanggal 14 Juli 1994, maka didirikanlah lembaga pendidikan tinggi yang diberi nama: Sekolah Tinggi Agama Islam (STAI) Miftahul Ulum Pamekasan. Berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia, Nomor 322 Tahun 1995 STAI Miftahul Ulum Pamekasan, secara resmi memperoleh status “terdaftar”, dengan menyelenggarakan dua jurusan yaitu : Jurusan Syariah Prodi al Ahwal al Syakhsiyah(AS) Jurusan Dakwah Prodi Bimbingan Penyuluhan Islam (BPI), kemudian pada tahunakademik 2003/2004 membuka jurusan baru; Jurusan Tarbiyah Program Studi PendidikanAgama Islam (PAI).

Pada tahun akademik 2009/2010 STAI Mifahul Ulum Pamekasan mengajukan akreditasi ke Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN PT) di Jakarta sebagai dasar legalisasi penyelenggaraan pendidikan tinggi. Setelah dilakukan visitasi dan penilaian langsung oleh team Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN PT) pada bulan Juli tahun 2009, maka berdasarkan SK BAN PT Nomor: 114/BAN-PT/Ak-VII/2009,