Berdasarkan visi tersebut, maka misi STAI Miftahul Ulum Pamekasan adalah :

1. Mencetak insan intelektual dan tenaga profesional yang menguasai ilmu pengetahuan danteknologi di bidangnya juga dibekali pengetahuan, penghayatan, dan pengamalan ajaranIslam ahlus sunnah wal jamaah;
2. Menciptakan, mengembangkan, menerapkan dan menyebarluaskan ilmu pengetahuan danteknologi untuk membangun bangsa serta untuk kesejahteraan rakyat dan kemanusiaan;
3. Mencetak lulusan yang unggul, beriman dan bertakwa kepada Allah SWT, berakhlakulkarimah, bersikap ilmiah, profesional, kreatif, mandiri, berwawasan ke depan serta mampu bersaing dan bekerjasama dengan sejawat dalam bidangnya;
4. Mengembangkan kajian-kajian keislaman yang terintegratif (tidak memisahkan antara pengetahuan agama dan pengetahuan umum) artinya semua pengetahuan yang akandikembangkan, bertumpu pada keyakinan dan pemahaman yang kuat dan pemahamanyang benar.

Adapun tujuan yang ingin dicapai dalam penyelenggaraan pendidikan di STAI MiitahulUlum Pamekasan adalah:

1. Menyiapkan peserta didik menjadi anggota masyarakat yang memiliki kemampuanakademik dan profesional yang dapat menetapkan, mengembangkan dan menciptakanilmu pengetahuan dan teknologi.
2. Mengembangkan dan menyebarluaskan ilmu pengetahuan dan teknologi yang bernafaskanIslam serta mengupayakan penggunaannya untuk meningkatkan taraf kehidupanmasyarakat.